一、农村合作医疗三甲医院报销比例
新农合在三甲医院的报销比例如下：
一、门诊报销比例
1、村卫生室、卫生所报销比例60%；
2、镇卫生院报销比例40%；
3、二级医院搏小比例30%；
4、三级医院报销比例20%；
5、镇级合作医疗门诊报销限额5000元/年。
二、住院报销比例
1、新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元；
2、手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元按照1000元报销；
3、60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元；
4、各级医院报销比例为：镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
大病报销比例?
1、门诊统筹乡、村补助比例分别提高到65%、75%；
2、级医疗机构住院费用在400元以下者，不设起付线；
3、二级医疗机构补助比例提高到75%到80%；
4、三级医疗机构补助比例提高到55%到60%；
5、省三级医疗机构补助比例提高到55%；
6、儿童先心病等8种大病新农合补助病种定额的70%，肺癌等12种大病，新农合补助病种定额力争达到70%。
综上所述，三甲医院报销比例主要分为，门诊报销比例，住院报销比例，大病报销比例，根据不同的部门报销的比例不同。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
二、本市三甲医院，新农合医保报销比例是多少？
新农合报销比例与就诊机构有关，就诊机构级别越高报销比例越低，一般新农合三甲医院报销的比例在65%左右，不过，还需以当地医保报销政策与就诊机构的报销政策为准。
新农合医保报销比例：
1、门诊报销比例
（1）村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
（2）镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
（3）二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
（4）三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
（5）中药发票附上处方每贴限额1元。
（6）镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
2、住院报销比例
（1）报销范围：
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。B、60周岁以上老人在兴塔镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
（2）报销比例：
镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
3、大病报销比例
（1）镇风险基金补偿：
凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
4、哪些不属报销范围
1、自行就医（未指定医院就医或不办理转诊单）、自购药品、公费医疗规定不能报销的药品和不符合计划生育的医疗费用；
2、门诊治疗费、出诊费、住院费、伙食费、陪客费、营养费、输血费（有家庭储血者除外，按有关规定报销）、冷暖气费、救护费、特别护理费等其他费用；
3、车祸、打架、自杀、酗酒、工伤事故和医疗事故的医疗费用；
4、矫形、整容、镶牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等；
5、报销范围内，限额以外部分。
我国农村人口占据非常大的人口比例，同时由于受经济条件的制约，导致小病挨、大病拖、重病才往医院抬的情况尤为严重，因此农村医疗保障体系的完善尤为重要。
三、农村合作医疗在三甲医院住院报销比例
1、新农合住院报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
2、、新农合大病报销比例：（1）三级医疗机构补助比例提高到55%~60%，（2）省三级医疗机构补助比例提高到55%（3）儿童先心病等8种大病新农合补助病种定额的70%，肺癌等12种大病，新农合补助病种定额力争达到70%。
