一、进项专用发票逾期没抵扣，怎么处理合适？会不会被查？？严重吗
如果超过认证期，进项税不能抵扣了，直接将待抵扣进项税额转入库存商品、销售费用科目
分录1处理
借：库存商品
贷：应交税费-待抵扣进项税额
分录2
处理
借：销售费用
贷：应交税费-待抵扣进项税额
1、如果那张发票的商品已销售，可以计入主营业务成本，会计分录：
（1）先转入库存商品
借：库存商品
贷：应交税费-待抵扣进项税额
（2）然后，做结转主营业务成本
借：主营业务成本
贷：库存商品
2、如果没有销售，应该计入库存商品科目。
商品那张的税额是直接计入主营业务成本。如果是购货方，逾期的这笔分录直接是
借：库存商品
贷：应交税费-待抵扣进项税额
借：主营业务成本
贷：库存商品
如果这笔库存商品已经销售了，
借：库存商品
贷：应交税费-待抵扣进项税额
借：主营业务成本
二、逾期进项税额处理
增值税发票超过认证时间了，按以下情况处理：
1、对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。客观原因如下：
（1）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾；
（2）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（3）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（4）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（5）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
2、除1中的（1）-（5）情形原因外，将发票的价税合计金额计入相关的成本或费用中。
发票中购货方即为可抵扣方，其他公司不可抵扣。
三、专票可以逾期抵扣吗，如何处理？
营改增后，专用发票的抵扣问题是企业财会人员必须要格外注意的。尤其需要注意的是，增值税专用发票是有认证期限的，一旦逾期就需要经过一系列复杂的程序来进行补救。
增值税一般纳税人的抵扣认证期限
增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
特别提醒：增值税认证期限是从开票日期起180天内；抵扣期限是认证当月必须抵扣，如：2012年11月份认证的专用发票，2012年11月份增值税申报期是2012年12月1日至15日，纳税人在申报时，应将2012年11月份认证的发票填入11月份的纳税申报表中抵扣，并在次月（12月）的15日内申报抵扣。如果超过抵扣期限的，就需要经过复杂的程序来完成抵扣。（具体认证期限见附表）
逾期抵扣的“亡羊补牢”
纳税人申请办理逾期抵扣时，应报送如下资料：1.《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》。
2.增值税扣税凭证逾期情况说明。纳税人应详细说明未能按期办理认证或者申请稽核比对的原因，并加盖企业公章。其中，对客观原因不涉及第三方的，纳税人应说明的情况具体为：发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等；纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期的，纳税人应详细说明办理搬迁时间、注销旧户和注册新户的时间、搬出及搬入地点等；企业办税人员擅自离职，未办理交接手续的，纳税人应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。
3.客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。具体为：企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，导致纳税人不能正常履行申报义务的，应提供相关司法、行政机关证明；增值税扣税凭证被盗、抢的，应提供公安机关证明；买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证的，应提供卖方出具的情况说明；邮寄丢失或者误递导致增值税扣税凭证逾期的，应提供邮政单位出具的说明。
4.逾期增值税扣税凭证电子信息。
5.逾期增值税扣税凭证复印件。逾期增值税扣税凭证的复印件必须整洁、清晰，在凭证备注栏注明“与原件一致”并加盖企业公章，增值税专用发票复印件必须裁剪成与原票大小一致
